科西嘉岛“回归”之后，阿拉贡在西地中海的岛链就编织完成了。西地中海绝大部分岛屿，包括马耳他在内，都被阿拉贡收入囊中。
西地中海岛链由大陆支点、主要岛屿、次要岛屿结合而成，形成多层次防御体系，详情如下：
大陆支点：那不勒斯地区、梅利利亚城，以及未来会拿下的奥兰城（1509年）。
主要岛屿：巴利阿里群岛、西西里岛、撒丁岛、科西嘉岛、马耳他岛、戈佐岛。
次要岛屿：科米诺岛、康米诺托岛、费尔夫拉岛、庞廷群岛、伊斯基亚岛、卡普里岛、利帕里群岛、埃加迪群岛、乌斯蒂卡岛、佩拉杰群岛、潘泰莱里亚岛。
这里提一下，马耳他自古以来，确实是自古以来，理所当然地是西西里王国的固有领土，在1530年以前，它与佩拉杰群岛之类的岛屿一样都是西西里岛的附属岛屿，就像澎湖列岛一样。
至于它怎么和医院骑士团扯上关系的，其实是查理帝国自己把医院骑士团请过来的。
当1453年君士坦丁堡被奥斯曼土耳其帝国攻陷后，罗得岛上的医院骑士团成为整个东地中海地区唯一的基督教力量。
在罗得岛的抵抗一直持续到1522年。那一年，苏莱曼一世指挥20万军队乘坐着400艘战舰来到罗得岛，而岛上的骑士团只有7000名士兵，虽然实力对比悬殊，但骑士团依然独立坚守了6个月，土耳其军队至少有5万人在战斗中丧生。最后骑士团与土耳其人达成协议，骑士团撤出罗得岛，前往欧洲。
在欧洲的7年时间里，耶路撒冷圣约翰医院骑士团多次迁徙，居无定所。到1530年，奉教皇克雷芒七世和神圣罗马帝国皇帝查理五世的命令，医院骑士团来到马耳他岛，每年象征性地向西西里王国缴纳1马耳他鹰币作为租金。
于是，在马耳他岛上，医院骑士团建立了马耳他骑士团国。
由于担心医院骑士团的威胁，同时为了在地中海进一步扩张，1565年，苏莱曼一世派出大军进攻马耳他。这场大战一开始和上次在罗得岛的大战很相似：骑士团苦苦支撑，绝大多数城市都被摧毁，骑士团成员有一半战死。就在骑士团眼看要支撑不住时，从西班牙来了一支援军，战场局势顿时扭转，土耳其军队仓惶撤退，损失达到3万余人。这次大胜使马耳他骑士团国获得了一段时间的和平局面，但也使得南欧、巴尔干、地中海的和平教与基督教力量再次展开一场战略决战，持续长达八年之久，进行了此次马耳他战役、其后的维也纳战役、勒班托海战、西班牙镇压国内摩里斯科人起义、奥斯曼土耳其帝国进行突尼斯征服战等一系列战事，最后还是以和约而收场，奥斯曼的扩张从此止步。此后最后一场奥斯曼在北非的胜仗，是奥斯曼趁西班牙陷入西班牙王位继承战争之际，于1708年夺取了西班牙占领下的奥兰城。
这样看来，医院骑士团对于阻挡奥斯曼土耳其帝国的扩张，还是立了大功劳的。不过，由于马耳他骑士团国的建立，此后沧桑变迁，随着国际形势的变化和西班牙国力的衰退，马耳他无论在名义上还是实际上，都脱离了西班牙的控制，这就是十分悲剧的事情了，斐迪南不容许这种情况发生。
而且，由此也可以看出，马耳他这个据点当真是战略重地，不是从19世纪开始，而是从16世纪就开始了。它恰好扼住了东西地中海的咽喉地带，想要对西地中海发动大规模的进攻——海盗式劫掠不算，非得夺取马耳他不可，而以医院骑士团的高作战能力和马耳他的易守难攻的地形和坚固的防御设施，想让土耳其人折戟沉沙甚至付出比历史上还要惨痛的损失，完全是没有问题的。
不过，医院骑士团现在还在罗德岛呢，斐迪南在考虑是不是要和他们提前打声招呼，如果撑不下去了来我这里干，这件事要和教皇沟通，让医院骑士团在罗德岛沦陷后来马耳他驻守，应该是问题不大，毕竟罗德岛那地方实非可以久留之地，明眼人都能看得出来，关键是医院骑士团在马耳他的政治地位要进行限制，不能允许骑士团国的建立，民政管理权必须由西班牙的行政机关掌控。
医院骑士团暂时还不能来马耳他，等医院骑士团来的时候，已经是二十多年后的事情了，那个时候西班牙肯定不必恐惧奥斯曼土耳其帝国了，不过不幸的是，斐迪南对于保卫基督教世界免遭奥斯曼土耳其帝国的入侵一点兴趣都没有，所以，未来的神圣罗马帝国皇帝，不知道他是XX还是XXX，总之是别想把西班牙绑上神圣罗马帝国的战车，让西班牙搭上全部财富、军队乃至政府破产去卖肾抗土，我们又没有亲戚关系，犯不着这么替你卖命，除非你肯出钱。
现在斐迪南在西地中海除了马耳他，还掌握着三个大岛，西西里岛、撒丁岛、科西嘉岛。
撒丁岛是地中海第二大岛，西地中海第一大岛，位置即偏又安全，直到18世纪之前都从未被进攻过，法国和奥斯曼帝国都没有进攻该岛。法国大革命期间法军对科西嘉岛的进攻也被挫败。同时斐迪南目前已经彻底扫除了撒丁岛本土的贵族势力，在岛上引入伊比利亚、英格兰、佛兰德的工匠、技师以及伊比利亚本土的签了半卖身契的农民和渔民，驻扎大量军队，实行半军事化管理，建立了一整套近代工农业体系。
但是另外两个岛就没有这么好的条件了，科西嘉岛目前是牢牢掌握在阿拉贡手中，但有可能遭到法国人的威胁，原本历史上，1553～1559年，法国曾短期占领该岛，后来随着战争终了、和约签订而撤出。西西里岛是地中海最大和最富庶的岛屿，号称“金盆地”，不过对于斐迪南来说，这就比较尴尬，一方面人多嘴杂，黑死病就是从这里开始在欧洲西部大肆蔓延的，这种地方显然不适合作为保密性要求高的“划时代基地”的地址。而且西西里岛可是奥斯曼土耳其帝国眼中的一块肥肉，整个16世纪，都屡屡遭受奥斯曼帝国海军和北非海盗（自发地以及更多时候在奥斯曼帝国的幕后支持之下）的侵扰和劫掠。